Svoju karijeru počeo je u mlađim selekcijama Zemuna. Od 1. februara 2014. godine postao je igrač Crvene zvezde. Nakon tri sezone u podmlatku kluba iz Ljutice Bogdana 1a vraća se u Zemun.
Prethodne dvije godine branio je boje Empolija. Trenutno je na pozajmici u hrvatskom Rudešu gdje je na četiri meča uspio da se upiše jednom u listu strijelaca.
Nikola Pejović, 20-godišnji štoper, rođen u Beogradu, trebalo bi na ljeto da pojača Atalantu, prenose italijanski mediji.
Za njegove usluge interesuju se i Eibar, Hueska i Palermo, ali sigurno da je ponuda ekipe iz Bergama najprimamljivija, jer će, po svemu sudeći, ekipa Đan Pjera Gasperinija naredne sezone igrati u Ligi šampiona.
Pejović je prethodne godine bio član Empolija koji je sezonu završio na 1. mjesto, te izborio promociju u Seriju A.
Ugovor sa klubom koji nastupa na stadionu „Karlo Kastelani“ mu ističe na ljeto 2021. godine.
